1. Čižmárik, J.: Poljarografija antibiotikov. Farmacija /Moskva/,No.3, 84-87 /1967/

2. Šubert,J., Čižmárik,J.,: Simplexsuchverfahren zur empirischen Optimierung und seine Anwendung bei der Lösung von Problemen der Pharmazeutischen Analyse. Pharmazie 30, /12/, 761-765 /1975/

3. Šubert,J., Čižmárik,J.,: Simplexová metóda empirické optimalizace a některé možnosti jejího využití k řešení problémů farmaceutické analýzy. Farm.obzor 45, 29-37 /1976/

4. Šubert J., Kučera,J., Fečák,B., Čižmárik,J., Mandák,M.,: Pokroky ve využití objektivního měření barev ve farmaceutické technologii a farmaceutické analýze.,Česk. farm. 27 /3/, 152-154 (160) (1978)

5. Čižmárik,J.: Utilisation of Propolis in Human Medicine, Apiacta 14 /1/, /16-1//prehľadný referát v 5 svetových jazykoch/

6. Beneš,L., Borovanský,A., Pešák,M., Čižmárik,J., Švec,P.,: Vzťahy chemické struktury a biologické aktivity ve skupine bazických karbanilatů. Farm. obzor, 50 /No.1/ 65-74 /1981/

7. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty. I. Teória. Českoslov. Farm. 34, /No.10/, 443-448 /1985/

8. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty. II. Aplikácie. Českoslov. Farm,. 35, /No.1/, 33-38 /1986/

9. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty. III. Aplikácie – pokračovanie Českoslov. Farm. 35, /5/, 233-239 /1986/

10. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty. IV. Apl. Pokračovanie Českoslov. Farm. 35, 325- /1986/

11. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty, V. Apl. Pokračovanie Českoslov. Farm. 35, 367-372 /1986/

12. Remko,M., Čižmárik,J.,: Kvantová chémia a jej farmaceutické aspekty, VI. Apl. pokračovanie. Českoslov. Farm. 35, 373-378 /1986/

13. Čižmárik,J., ŠubertJ., Vespalec,R.,: High Performance Liguid Colum Chromatography in Pharmacopeial Quality Control of Drugs. Acta Facult.Pharm. 42, 59-85 /1988/

14. Gašparič,J., Šubert,J., Čižmárik,J.,: Extrakčně fotometrické stanovení léčiv. I. Teoretická část. Českoslov.Farm. 39, 458-462 /1990/

15. Šubert,J., Gašparič,J., Čižmárik,J.,: Extrakčně – fotometrické stanovení léčiv za použití 2,4,6-trinitrofenolu. II. Přehled aplikací. Českoslov. Farm. 41, 69-74 /1992/

16. Uher,M., Chalabala M., Čižmárik,J.,: Kyselina kojová a jej deriváty ako potenciálne liečivá. Čes. a slov. Farm. 49, 288-298 /2000/

17. Uher,M., Čižmárik,J.,: Deriváty kyseliny kojovej s antifungálnym účinkom. Farm. obzor, 70, 46-48 /2001/

18. Rojkovičová,T., Lehotay,J., Čižmárik,J.,: Enantiomérne separácie liečiv na báze makrocyklických antibiotík. Čes. slov. Farm. 50, 166-172 /2001/

19. Ďungelová,J., Lehotay,J., Rojkovičová,T., Čižmárik,J.,: Chirálne separácie niektorých liečiv na báze makrocyklických antibiotík v HPLC, SFC a CEC. Česk. a Slov. Farm. 52, 119-125 /2003/

20. Fedurcová, A., Lehotay,J., Čižmárik,J.,: Interkonverzia stereochemicky nestálych chirálnych liečiv – Využitie chromatografických techník na štúdium enantiomerizácie, výpočet termodynamických parametrov. Časť I. Teoretické aspekty. Česk. a Slov. Farm. 54, 256-261 /2005/

21. Fedurcová, A., Lehotay,J., Čižmárik,J.,: Interkonverzia stereochemicky nestálych chirálnych liečiv – Využitie chromatografických techník na štúdium enantiomerizácie. Časť II. Praktické aplikácie. Česk. a Slov. Farm. 55, 12-17 /2006/

22. Uher, M., Čižmárik, J.,: Prírodné deriváty 4H-pyrán-4-ónu. Česk. a Slov. Farm. 55, 55-60 /2006/

23. Végh, V., Čižmárik, J., Hahnenkamp, K.,: Is there a place for local anesthetics structurally different from classical amid or ester local anesthetics?Curr. Opin. Anaesthesiol. 19, 509-515 /2006/

24. Šubert, J., Čižmárik,J.: Využití instrumentálního m?ření barevnosti ve vývoji a v kontrole jakosti léčiv. Chem. Listy 101, 55-59 /2007/

25. Uher, M., Čižmárik, J., Hudecová, D., Brtko, J.: 100 rokov od objavenia kyseliny kojovej. Farm. Obzor 76, 110-111 /2007/

26. Meričko, D., Lehotay, J., Čižmárik, J.: HPLC separation of enantiomers using chiral stationary phases. Česk. a Slov. Farm. 56, 107-113 /2007/

27. Lachová, M., Lehotay, J., Čižmárik, J.: analytical and pharmaceutical chemistry.  Česk. a Slov. Farm. 56, 159-164 /2007/

28. Šubert, J., Čižmárik, J.: Applications of instrumental colour measurement in development quality control of drugs and pharmaceutical excipients. Pharmazie 63, 331-336 /2008/